制藥業，關乎國民醫療保健與健康，是國民經濟中不可缺少、不容忽視的行業。然而，制藥行業工藝復雜， 制藥廢水污染與產品、使用原輔料、生產工藝等密切相關，廢水中存在大量污染物，色度深和含鹽量高等處理難度之大。如何處理該類廢水是當今環境保護的急需要解決的難題。
    我國的制藥工業分為化學藥品原料藥制造、化學藥品制劑制造、中藥飲片加工、中成藥生產、獸用藥品制造、生物藥品制造和衛生材料及醫藥用品制造7個子行業。在這些子行業中，污染負荷量最大的是化學藥品原料藥生產，約占全行業的80%。化學原料藥生產一般都是投入產出比大，產品產出率低，污染物產生量較大;產生的污染物的種類、特性與數量與生產品種所需原輔料、工藝過程、工藝條件、產出物及管理水平直接相關。其特點是，污染物種類多、單類數量少(經濟利用度不高)、具有生物毒性、濃度高、排放基本無規律、不連續不均衡、難進行生化處理。高濃度廢水治理一直是困擾化學原料藥生產發展的難題。
    在國家水專項調研中，制藥企業的達標狀況堪憂：能夠達到制藥行業水污染物排放新標準限值的制藥企業數量相當少，化學合成類、發酵類、制劑類制藥廢水達標率分別為9%、12%和30%。另據調查，目前國內大部分城鎮污水處理廠對制藥工業廢水的納水要求為COD≤300mg/L，即使這樣，仍有部分化學合成類、發酵類制藥企業達不到要求，化學合成類比例高達46%，發酵類為16%。化學原料藥生產廢水處理難度大的另一個原因，就是企業根據市場需求經常調整產品與產量，新生產狀況產生的污染負荷與原處理設施的生物系統、運行參數發生沖突，往往會造成一段時間不達標的問題。不同產品、不同工藝、不同生產裝備、不同管理水平產污量大不相同，不同的企業不能用類同的治理技術與工藝治理。
    制藥廢水處理技術多樣，選擇和應用都是業界關注的重點。應該實事求是地向甲方介紹現在的技術狀況、技術能力，以及投資額度與運行成本，幫助甲方梳理生產過程污染源控制點，幫助甲方在源頭開始削減污染負荷，從而實現甲方能夠承受較低的污染治理成本，實現甲方持續穩定地運行治理設施，為甲方實現正常生產運營提供保障。治理方案應該是源頭控制、削減與終端治理技術都清晰的系統方案。除了選擇適用的技術外，制藥行業將廢水交由第三方治理是治理模式新的選擇。