盡管前期廣佛區域水環境整治工作取得一定成效，但近兩年來部分河段水質污染有一定反彈，引發各界關注。而且廣佛跨界區域水污染也被列入今年省十大掛牌督辦環保問題，包括珠江西航道、前航道，石井河和流溪河在內的多條河流水質變成劣五類。據東莞環保專家介紹目前廣佛河涌治理存在下列幾問題：
1、產業結構和布局不合理是流域污染的源頭。經調查，該區域內經工商審批的企業超過1.1萬家，其中廣州7357家、佛山3880家，工業廢水排放量超過60萬噸/日。部分區域工業企業主要以金屬冶煉、線路板、服裝、紡織、食品等勞動密集型產業為主，還存在皮革加工、印染等重污染行業。
2、污水處理設施建設滯后，畜禽養殖和面源污染嚴重，也是流域污染的重要原因。由于投入不足，歷史欠賬多，污水處理廠及配套管網等環境基礎設施不能滿足污染治理的需要。區域內存有大量的畜禽養殖業，養殖廢水未經有效處理直接排入魚塘或周邊水。3、背后重要的一個問題，則是責任界定不清，以水口水道為例，上游是廣州，中游為佛山，下游又為廣州。內部人士告知，水環境自然屬性的顯著特征是流動性和跨行政區界性，廣州方面做好了自己的治理也并未能見效，若受到污染，沒有查明污染源容易互相推諉。因此，必須按照“誰污染誰治理”原則，要求廣佛兩地“守土有責”。
      盡管難題重重，但佛山市水務部門相關負責人也向記者提及，兩地在水浮蓮的處理上就溝通得很不錯。佛山地區水務部門告知，去年兩地就水浮蓮問題開過專門的協調會議，廣州地區同意派人支援佛山的打撈工作，而佛山也同意將南海區碼頭借出。可惜的是，并非所有問題都能像水浮蓮一樣取得進展。
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