制藥工業污染治理難度較大，其主要原因在于產品種類多、更新速度快、涉及的生產工序復雜；所用原材料繁雜，而且有相當一部分原材料為有毒有害物質；工藝環節收率不高，并且廢物成分復雜，涉及的危險廢物種類多。制藥廢渣，即不能焚燒也不能填埋，實際上也無處堆放，那該怎么辦呢？ 制藥廢渣到底如何實現安全處置？如何實現資源化循環利用？固廢的處理是當前影響制藥企業可持續發展的一個難題。
    據專業人士了解到大型中藥企業每年都要使用上萬噸藥材，產生數量龐大的中藥廢渣，除被農民運走作為肥料外，絕大部分是直接露天堆放，還有的被不法商販購買用以制作假藥。直接堆放不僅占用土地，一些殘留物質會隨著雨水向下滲透，可能對地下水造成污染。業內專家稱，發酵菌渣是發酵過程的必定產物。由于菌渣中含有豐富的蛋白質，以前的處理方式是在干燥加工處理后，多數作為飼料、飼料添加劑或作為肥料、生產復合肥的原料進行綜合利用，還有一部分經處理后重新回到生產中被再利用，少量的被直接焚燒。廢物綜合利用或回用有助于提高生產過程中的回用技術，降低企業成本。然而，抗生素菌渣循環利用卻遭遇了高壓線。
    現在，抗生素菌渣處置問題已嚴重影響了制藥行業的生存與發展，也使危險廢物管理陷入困境。如何安全、有效、合理、經濟地處置和利用抗生素菌渣，已成為目前亟待解決的重大課題。每噸廢渣處理費用約2000元，處理成本可能會超過生產成本，也是資源浪費，菌絲全部焚燒處理也存在操作上的障礙。根據《制藥工業污染防治技術政策》要求，大量菌絲廢渣被列入危險廢物管理，必須焚燒或安全填埋。有企業表示，要滿足這項要求，企業無論在成本還是技術上都有一定難度，在現有條件下恐怕處理成本要超過生產成本。待制藥廢渣不能搞“一刀切”，對不同廢渣應制定不同的處理標準。比如，允許大宗的、危害不大的廢渣，處理后作為飼料或者肥料；對新藥、特藥、強力抗生素等產生的數量不大但危害大的廢渣直接焚燒。
    目前，我國部分制藥企業對于副產品的處置已達到國家相應標準要求，但由于受到國家危險廢物管理要求的限制，副產品達到標準后仍然難以等同于產品進行運作。專家建議，當前，應加快研究建立和健全循環經濟的法律法規體系，抓緊制定節能、節水等促進資源利用的法規，特別是針對“國家危險廢物名錄”，制定切實可行的危險廢物處置或無害化處理的有關標準或規范，幫助企業發展循環經濟，實現資源綜合利用。
    一些企業人士呼吁，除了集中生產、集中處理外，國家還應在藥品定價、技術扶持、減免稅收等多方面加大對制藥企業環保的支持力度，以提高企業環保的積極性。業內專家指出，產業發展不能以犧牲環境作為代價，制藥業廢渣處理不僅需要企業下定決心，加大投入，也需要政府在產業規劃、技術攻關、產品定價等多方面扶持。